生态环境部门负责办理温泉水资源开发利用环评审批手续；负责温泉水资源开发利用过程中环境保护与水污染防治、执法监管等工作。
水利部门负责下达年度用水计划、审批温泉取水、核定取水量、征收水资源费、执法监管等工作；
财政、公安、卫健等部门按照各自职责，配合水利部门共同做好温泉水资源管理与保护工作。