长江水师总兵官，自然有水师一系的官员掌管。而魏国公仅仅掌管万余南京驻军，却合适的。
毕竟南京这里一片太平景象。根本不需要大明这么多兵力。当南洋之战结束之后，这里也会恢复到原来情形。
而今仅仅是临时状态。